В Амстердаме находятся два университета: Амстердамский Университет (Universiteit van Amsterdam) и VU Университет (Vrije Universiteit). Среди других высшеобразовательных учереждений: школа искусств, Академия Rietveldacademie, Амстердамская Hogeschool и Hogeschool voor de Kunsten Амстердама. Международный Институт общественной истории Амстердама - это одно из крупнейших мировых учреждений по документалистике и исследованиям общественной истории, и особенно истории рабочего движения. Hortus Botanicus, один из самых старых ботанических садов в мире, был основан в начале 1600-х гг.. В нем находится множество старых и редких видов растений и среди них - кофейное дерево, ставшее родоначальником целой кофейной культуры Центральной и Южной Америки.
Считается, что в Амстердаме - на отличном уровне находится начальная школа. Методика преподавания некоторых из них основывается на конкретных педагогических теориях, среди таких школ, например, различные школы Монтессори. Тем не менее, основой многих школ является религиозное воспитание. Раньше это было в основном римско-католическое и различное протестантское вероисповедание, но с притоком иммигрантов-мусульман так же возросло количество мусульманских школ. Есть в городе так же общественные школы.
То же самое можно отнести и к среднему образованию. В Амстердаме существуют три независимых вида средних школ (по-голландски: gymnasia), Гимназия Vossius, Гимназия Barlaeus и Гимназия св.Игнасия, с классическим учебным планом, включая преподавание латинского и классического греческого языков. Хотя многие до недавнего времени считали, что гимназии являются анахронизмами, представляют элитную концепцию и скоро отойдут в прошлое, гимназии недавно пережили свое возрождение, которое привело к образованию четвертого типа средней школы, где представлены все три вышеописанные школы.